Юрий Сергеевич Пивоваров родился 25 апреля 1950 года. В 1972 году окончил факультет международных отношений Московского государственного института международных отношений (МГИМО) МИД СССР. В 1975 году окончил очную аспирантуру Института мировой экономики и международных отношений (ИМЭМО) АН СССР. Учёную степень кандидата исторических наук получил в 1981 году. С 1996 года доктор политических наук. В 1996 году присвоено учёное звание профессора Института стран Азии и Африки при МГУ. Член-корреспондент Российской Академии наук (РАН) с 1997 года, академик РАН с 2006 года.
С 1976 года работает в Институте научной информации по общественным наукам (ИНИОН) АН СССР. С 1998 — директор ИНИОН РАН, одновременно заведующий отделом политологии и правоведения ИНИОН РАН. Президент Российской ассоциации политической науки (РАПН) с февраля 2001 года, почётный президент РАПН с 2004 года. Член Бюро Историко-филологического отделения РАН, член Бюро Библиотечно-информационного совета РАН, член Бюро Совета по евразийской экономической интеграции РАН, член Бюро Российского исторического общества, член Бюро Национального комитета историков, председатель Российско-венгерской комиссии историков. С 2015 года — научный руководитель ИНИОН РАН.
Ю. С. Пивоваров работает в Московском государственном университете имени М. В. Ломоносова с 1996 года. В связи с созданием на факультете политологии кафедры сравнительной политологии, приказом ректора от 18 января 2010 года назначен исполняющим обязанности заведующего кафедрой сравнительной политологии.