1. Шутов А. Ю. О политическом смысле подвижничества Сергия Радонежского // Вестник Московского университета. Серия 12. Социально-политические исследования.1992, № 5.
2. Шутов А. Ю. Политический процесс. М.: Изд-во Моск. ун-та,1994.
3. Шутов А. Ю. Типология политических процессов (социокультурный контекст) // Вестник Московского университета. Серия 12. Социально-политические исследования. 1994, № 2.
4. Шутов А. Ю. Прикладная политология: попытка систематизации // Вестник Московского университета. Серия 12. Социально-политические исследования. 1994, № 3.
5. Шутов А. Ю., Бадовский Д. В. Politik in den Regionen Russlands und die Rolle der Eliten // Osteuropa. Stuttgart.1995. H.12.
6. Шутов А. Ю. Das Modell eines pragmatischen Politikers fuer die russischen Regionen // Osteuropa. Stuttgart. 1997. H.6.
7. Шутов А. Ю. Земские выборы в истории России (1864–1917): исследование избирательных систем. М.: Изд-во Моск.ун-та, 1997.
8. Шутов А. Ю., Заславский С. Е., Слепцов Н. С. Институт губернатора в России: традиции и современные реальности. М.: Изд-во РАГС, 1997.
9. Шутов А. Ю. Территориальные органы управления в истории России: опыт административно-политического участия // Вестник Московского университета. Серия 12. Политические науки. 1997, № 6.
10. Шутов А. Ю. Интеллектуальный потенциал российского консерватизма // Вестник Московского университета. Серия 12. Политические науки. 1997. № 6.
11. Шутов А. Ю. Земская избирательная система (Из истории формирования) // Полис. 1998. № 2.
12. Шутов А. Ю., Лаптева Л. Е. Из истории земского, городского и сословного самоуправления в России. М.: Изд-во РАГС, 1999.
13. Шутов А. Ю. Земские учреждения в России: проблема представительства групп интересов // Политические вызовы ХХI века. Второй всероссийский конгресс политологов. 21–23 апреля 2000 г. М.: РОССПЭН, 2002.
14. Шутов А. Ю., Синяков А. В., Коваленко В. И. Межконфессиональные отношения в г.Москве: диагностика ситуации // Власть. 2006. № 9.
15. Шутов А. Ю. Недостаток отечественной политологии — ложный академизм // Агентство политических новостей. 2007, 13 июля. Интернет публикация.
16. Шутов А. Ю., Миронова Д., Феофанов А. М. и др. Очерки истории политической науки в Московском университете (1755–1835). / Под ред. Шутова А. Ю. М.: Изд-во МГУ, 2009.
17. Шутов А. Ю., Коваленко В. И. Политический процесс и его особенности в современной России // Политические отношения и политический процесс в современной России. Учебное пособие. М.: Изд-во МГУ. 2010.
18. Шутов А. Ю. Новейшая история и перспективы становления институтов гражданского общества и многопартийности в России. М.: Альфа-М, 2010.
19. Избранные труды профессоров нравственно-политического отделения Московского университета / Под ред. Шутова А. Ю. М., Альфа-М, 2010.
20. Шутов А. Ю., Кузнецов И. И., Столетов О. В. Историография истории местного самоуправления. М., Альфа-М, 2010.
21. Карл Генрих Лангер. О пределах и важнейших представителях политической науки / Под ред. Шутова А. Ю. М.: Изд-во МГУ, 2011.
22. Шутов А. Ю. Роль Н. А. Милютина в подготовке земской реформы 1864 г. // Вестник Московского университета. Серия 12. Политические науки. 2011. № 3.
23. Шутов А. Ю. Исторические традиции местного самоуправления в Европе // Вестник Московского университета. Серия 12. Политические науки. 2011. № 5.
24. Шутов А. Ю. Российское земство и европейские традиции местного самоуправления. М.: Изд-во Моск. ун-та, 2011.
25. Шутов А. Ю. Местное самоуправление и гражданское общество в России: прошлое и настоящее // Pyongyang: Kim Il Sung University, 2012.
26. Шутов А. Ю. Политическое восприятие страны как проблема теории коммуникации // Россия-Польша: проблемы взаимного восприятия. Материалы международной научной конференции, 23–24 сентября 1011 г. М.: Изд-во МГУ, 2013.
27. Шутов А. Ю. Из истории формирования многопартийности в современной России // Вестник Московского университета. Серия 12. Политические науки. 2013. № 5.
28. Шутов А. Ю. Земство как социальный фактор формирования «правительственной партии» в пореформенной России: проекты Н. А. Милютина // Местное самоуправление в России: итоги реформы и перспективы развития. Материалы научно-практической конференции, 5 апреля 2013 г. Ростов н/Д.: Изд-во ЮРИФ РАНХиГС, 2013.
29. Шутов А. Ю. Традиции местного самоуправления в России: к вопросу о представительстве сословий и «групп интересов» второй половины ХIХ — начала ХХ века // От Древней Руси к Российской Федерации: история российской государственности. СПб.: «Алетейя», 2013.
30. Шутов А. Ю. Коваленко В. И. Политический процесс и его особенности в современной России // Современная российская политика. Учебное пособие. М.: Изд-во МГУ, 2013.
31. Русский вопрос в истории политики и мысли. Антология / Под ред. А.Ю Шутова, А. А. Ширинянца. М.: Изд-во МГУ, 2013.